Реставраторы тщательно проанализировали содержимое кувшинов. В двух из них была застывшая восточная ароматическая смола, использовавшаяся как ладан-фимиам, в других мелкие кости, до сих пор сохранившие следы ножа бакалейщика. На кувшинах были выгравированы имена владельцев или испанские и китайские символы, указывающие на их содержимое: соль, уксус, селитра и вино. Но большинство кувшинов содержало питьевую воду, так как манильские галионы не делали остановок в пути по пять—восемь месяцев.
Для обследования дна на глубинах, недоступных аквалангистам, «Тенгар» имел двухместный водолазный колокол. Также использовался робот с видеокамерой, управляемой с поискового корабля. А там, куда не могли спустить колокол, применяли обитаемый подводный аппарат, вмещавший двух пилотов и наблюдателя. Данные глубоководных исследований удостоверили, что обломки крушения сбросило с рифа до глубины 80 метров.
Работа по консервации находок велась круглые сутки. После очистки каждый предмет был измерен, сфотографирован, зарисован на бумаге, а его образ был занесен на лазерный диск бытового компьютера. Все детали, включая точное местонахождение предмета, были включены в компьютеризированную базу данных для итогового отчета.
Многие предметы были повреждены тайфунами и обросли кораллами уже позже крушения галиона. Так, например, один кусок коралла в действительности содержал 564 отдельных изделия — стеклянные бусины китайского происхождения, керамические черепки, разукрашенные медные кнопки, остатки листового золота, две серебряных рукоятки от шпаг и бронзовые китайские весы, использовавшиеся, вероятно, для взвешивания драгоценных камней. Некоторые предметы были сугубо «личными. Так, на поверхности маленького золотого гребня можно было разобрать надпись «год 1618», нанесенную золотыми точками. Также было видно и имя «Донья Каталина де Гусман». Дальнейшие поиски выявили, что она была вдовой и в 1634 году жила в Маниле. Находилась ли она на борту затонувшего корабля? Никто не знает. Чаще всего гребни делались не из золота, а из других материалов, в основном из слоновой кости или панциря черепахи. В 1767 году на галионе «Сан-Карлос» перевозился груз из 80 тысяч гребней.
Находки, нанесенные на археологические карты-планы, привели к следующим выводам: галион несколько раз ударился о риф и, распоров днище, потерял балласт, а затем постепенно распадался на части и терял свое содержимое вдоль всего рифа, что отчетливо прослеживается на составленных планах. Кормовую надстройку корабля вынесло на мелководье, а центральный корпус с ахтерде-ком подхватило течением и отнесло на глубоководье, где они, заливаемые водой, опустились на дно. Потеря галиона «Нуэстра сеньора де ля Консепсьон» стала трагедией для Филиппин, а его судьба служит аллегорией человеческой жадности.