Коркуэр также обвинялся в назначении своего племянника Дона Хуана Франсиско капитаном корабля, чтобы он и присматривал за награбленным добром губернатора. По словам обвинителя, именно это привело к потере корабля. Через несколько дней после отплытия команда корабля потеряла к нему всякое уважение и перестала ему подчиняться. На галионе поднялся мятеж, во время которого многие были убиты и ранены. Управление кораблем было заброшено. И в это время поднялся шторм. Поскольку паруса не были убраны, сильный ветер сломал мачты и вместе со спутанным такелажем выбросил за борт. Ветер и течение сбили корабль с курса и вынесли его на рифы Сайпана. Из 40 человек, находившихся на борту галиона, спаслось всего лишь несколько десятков. Некоторая часть груза была извлечена из прибрежных вод островитянами. В 1684 году поисковая экспедиция испанцев обнаружила и подняла 35 из 36 пушек и 7 якорей из 8. Оставшиеся грузы галиона разбросало по подножиям рифов или вынесло на большие глубины.
Поисковый корабль «Тенгар» подошел к Сайпану в марте 1987 года и бросил якорь в ста метрах от его юго-западного берега.
В течение двух лет велись работы на месте гибели галиона, во время которых было обследовано все южное и юго-западное прибрежное дно острова Сайпан на глубине от одного до ста двадцати метров.
Первые три недели погружений принесли исследователям лишь керамические черепки и разбросанные в разных местах на большом расстоянии друг от друга скопления балластных камней, да и те в небольшом количестве. Около 350 лет тайфуны разрушали затонувший корабль, но аквалангисты, набравшись терпения, почти шестым чувством угадывали, где покоились перевозимые галионом предметы. Угроза тайфунов препятствовала проведению работ с июля по декабрь, но уже в течение первых шести месяцев было обнаружено практически все, что осталось от галиона.
Команда исследователей была специально подобрана, она состояла из 30 человек семи национальностей — китайцев, малайзийцев, сингапурцев, филиппинцев, австрийцев, англичан и американцев. За время поисков остатков галиона команда совершила более 10 тысяч погружений — при этом без единой серьезной неудачи.
Первые золотые находки стали попадаться ныряльщикам в начале второго сезона работ. Сперва был найден фрагмент золотого блюда ручной работы. На нем была изображена женщина в струящемся платье с вазой с цветами. В левой руке она держала букет роз. Маленькая собачка прыгала у ее ног. Цветочный орнамент украшал фрагмент по краям. Впоследствии было найдено большинство из осколков блюда. Согласно документам Севильского архива по делам Индии, галион вез подарок короля Испании японскому императору — блюдо из чистого золота и набор с кувшинами. Во время официального расследования гибели галиона испанские власти обвинили губернатора Манилы Коркуэра в незаконном присвоении этих предметов на Филиппинах и их возвращении в Испанию в качестве личного груза губернатора. Золотое блюдо с женщиной было важной находкой, но были и другие, которые впечатляли гораздо сильнее. Так, ныряльщик Энт Навин, сварщик с Борнео, нашел маленькую золотую туфельку, инкрустированную алмазами и бриллиантами. В туфельке могли храниться духи или другая парфюмерия.Лтовезло и Майклу Флэкеру, инженеру и подводному оператору из Австралии, который поднял 32 золотые цепи, каждая из которых была по полтора метра длиной. Все цепи лежали вместе и были скручены золотой проволокой. Они были погребены под двумя метрами осадков под узким выступом так, что его руки с трудом смогли до них дотянуться. Аквалангистами были подняты более чем 1300 единиц золотых ювелирных изделий: цепи, кресты, четки, пряжки, филигранные пуговицы, кольца и броши с драгоценными камнями. Некоторые из менее ценных находок также были очень интересны. Например, 156 кувшинов для хранения пищевых продуктов, найденных на глубинах от 45 до 60 метров. Заполненные осадками, а некоторые и их содержимым, они весили более сорока килограммов каждый.